L'administration de l'EFEO se divise en deux grands axes : les directions de services et les directions scientifiques.
Les instances de la gestion scientifique sont la direction des études, la direction de la bibliothèque et la direction des publications.
L'administration des services est assurée par la direction générale des services (gestion des personnels, informatique, Immobilier, secrétariat, communication et relations internationales) et la direction des services financiers et comptables.