Le Conseil d'administration est composé de 18 membres. Il vote le budget et le compte financier, délibère sur les orientations générales de l'établissement et exerce les autres attributions confiées au Conseil d'administration des universités (article L712-3 du code de l'éducation).

Le Conseil scientifique, composé de 19 membres, assiste le directeur pour l'élaboration et la mise en œuvre de la politique scientifique de l'Ecole. Il exerce les attributions confiées au Conseil scientifique des universités par l'article L712-5 du code de l'éducation. En outre, il contribue à l'évaluation des activités scientifiques de
l'École.