Le Centre de Jakarta a créé en 2008 une nouvelle collection de publications consacrée exclusivement à des thèses indonésiennes en sciences sociales, écrites par des étudiants indonésiens, en indonésien, sur l'Indonésie. Cette collection, intitulée Pustaka hikmah Disertasi (PhD) [« Collection Bénéfice des Thèses »], est publiée grâce à une subvention de la société Total Indonésie, qui couvre la plus grande partie des frais d'impression. Les ouvrages sont publiés au format A4 et tirés à 2500 ou 3000 exemplaires, qui sont mis en vente en librairie.
Cinq titres ont été publiés jusqu'à présent (voir www.efeo.fr/catalogue). Dans le but d'accroître le prestige de la collection et de faciliter sa diffusion, on a obtenu la participation des instituts suivants à la publication de l'un ou l'autre titres : Centre de recherches archéologiques, Centre linguistique national, Archives nationales, universités de Jakarta, Bandung, Yogyakarta et Pontianak, antenne à Jakarta du KITLV de Leyde. La subvention de Total Indonésie vient d'être renouvelée (juin 2011) et va permettre la publication de cinq nouveaux titres d'ici 2013.