Les fichiers papiers constituent encore une partie du catalogue, en attendant la fin de la longue opération de conversion rétrospective en catalogue informatisé. Ils concernent les fonds en caractères non-latins :
* Birmanie, Cambodge, Laos, Thaïlande, Champa, Chine-Japon.
Il existe plusieurs inventaires de manuscrits, dont Jacqueline Filliozat a dressé un inventaire disponible sur cédéroms à la bibliothèque. A partir de 2010, le manuscrits seront catalogués rétrospectivement dans la base CALAMES de l'ABES.
Un inventaire des microformes est en cours. Demander à l'accueil.
Un inventaire des archives a été partiellement dressé. Demander à l'accueil.
Inventaires en cours (estampages khmers, cam).
Les estampages chinois ont été inventoriés et le catalogue complet accompagné de notices, a été publié en 2004 par l'EFEO sous la forme de cédérom : Drège, Jean-Pierre (dir.), Catalogue des estampages chinois de l'École française d'Extrême-Orient; Paris, EFEO, 2004. Il est également accessible depuis le site www.efeo.fr/estampages
En 2002, l'association Agir pour Timor a déposé ses fonds auprès de la bibliothèque de l'EFEO, après signature d'une convention stipulant les termes du dépôt.
L'inventaire est consultable sur le site EFEO