Ce programme est mené en coopération avec le Département des Musées de Sarawak. Dirigé par Daniel Perret et Mohd Sherman Sauffi William Jinep, il est consacré aux sites de Sungai Jaong et de Bongkisam dans le delta du fleuve Sarawak, à Santubong, près de Kuching. Redécouverts après la Seconde Guerre Mondiale, ces deux sites ont fait l'objet de prospections et fouilles sommaires entre la fin des années 1940 et le milieu des années 1960. Ces fouilles ont livré un mobilier très abondant ainsi que les vestiges d'une structure hindo-bouddhique pour l'instant unique à Sarawak. Malgré leur importance afin de comprendre l'histoire ancienne de la région, ces sites ont été négligés par la recherche depuis plus de 50 ans. C'est dans ce contexte que le centre a initié un projet multidisciplinaire destiné à en reprendre l'étude. Les opérations de terrain ont débuté en 2018 et les premières fouilles en juin-juillet 2019. En 2018 et 2019, ce programme a bénéficié d'un appui financier de PSL dans le cadre du programme IRIS-Etudes globales, ainsi que de l'ambassade de France en Malaisie. A partir de 2020, ce programme bénéficie d'un appui financier de la Commission Consultative des Fouilles à l'Etranger du Ministère de l'Europe et des Affaires étrangères. Stéphanie Leroy (CNRS, archéo-métallurgie), Bing Zhao (CNRS, céramiques chinoises), Yohan Chabot (géomorphologie), participent à ce programme.Le programme a repris ses activités sur le site de Sungai Jaong en août 2022 après une longue interruption liée à la pandémie. Des fouilles se sont déroulées sur le site de Sungai Jaong en septembre-octobre 2022, puis en septembre-octobre 2023. La phase d'étude sur place du mobilier collecté se déroulera au premier semestre 2024.