Les unités de recherches de l'EFEO, qui regroupent les enseignants-chercheurs de l'établissement, ont pour vocation d'accueillir également des chercheurs d'autres institutions, associés aux travaux de l'Ecole. Par la diversité de ses collaborations, l'EFEO entend favoriser l'émergence de transversalités porteuses de synergies et d'opérations de recherche aux échelons régional et international. Ces unités sont structurées en deux axes :